鱼粉在贮藏过程中的主要变化的氧化和吸湿。油脂氧化的结果会使鱼粉变质发臭，严重者甚至会导致自燃;吸湿的结果则造成微生物生产繁殖，引起蛋白质分解，并使鱼粉黏结成块。
1.自发热
⑴正常的自发热：在干燥之后即发生，主要是在干燥过程中不饱和脂肪酸被激发，开始氧化，而油脂氧化本身是放热反应。
⑵偶然的自发热：a.油脂的滞缓氧化而引起，即在加工过程中没有完全氧化的脂在贮藏中继续氧化;b.由于鱼粉中水分的增高使微生物生产繁殖而引起温度上升。
⑶对质量影响：鱼粉中油脂氧化导致自发热现象并产生氧化产物，这将使鱼粉的颜色加深并具有油烧气味。同样，由于氧化的油脂能与蛋白结合形成不溶性的复合体，使蛋白消化率降低而影响饲料效果。此外，维生素也有一定程度的破坏。因此，自发热将导致鱼粉质量严重下降。
2.鱼粉的吸湿
⑴鱼粉中含盐量越高，越易吸湿;同样，可溶性成分越多，也越易吸湿。 鱼粉颗粒越小，粒子与粒子之间的结合越紧密，空隙越小，减少了与空气的接触面，吸湿的速度会下降。 ⑵鱼粉吸湿的 结果：给微生物生长繁殖创造了条件，进一步促进了自发热的产生，使鱼粉质量严重下降。
3.包装与贮运 包装前加入一定的抗氧化剂，常用的有乙氧基喹啉EMQ，二丁基羟基甲苯BHT，没食子丙酯PG。 由于不同波长的光对氧化也有一定的影响，一般用黑色塑料袋包装最好。
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